Ekosystemy referencyjne są wyznaczane w ramach kryteriów Przejściowego Standardu Odpowiedzialnej Gospodarki Leśnej FSC dla Polski. W ramach danego obszaru referencyjne przykłady istniejących ekosystemów są zachowywane w stanie naturalnym, stosownie do zakresu działań gospodarczych oraz unikalnego charakteru danych zasobów, a także zaznaczone na mapach.

Na obszarach ekosystemów referencyjnych nie prowadzi się prac gospodarczych z wyjątkiem udokumentowanych zabiegów realizujących artykuł 9 ust. 1 ustawy o lasach i bezpieczeństwa publicznego.

Na terenie Nadleśnictwa Gniezno wyznaczono następujące powierzchnie referencyjne:

Użytek ekologiczny - 58,89 ha;

Powierzchnie w obszarach Natura 2000, wyznaczone w Planach Zadań Ochronnych (PZO)  lub zakresie PZO w ramach PUL, jako obszary pozostawione bez wskazań gospodarczych - 51,25 ha;

Strefy ochrony ostoi, miejsc rozrodu lub regularnego przebywania gatunków objęte ochroną całoroczną - 53,12 ha;

Siedliska bagienne (TSL: Bb, BMb, LMb, OL, BGb, BMGb w 3 wariancie uwilgotnienia - 32,47 ha;

Siedliska zalewowe (Lł i OlJ w 2 wariancie uwilgotnienia) - 22,89 ha;

Priorytetowe siedliska przyrodnicze: 9180 (jaworzyny i lasy klonowo-lipowe na stokach i zboczach), 91D0 (bory i lasy bagienne) i 91E0 (łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe, 91I0 ciepłolubne dąbrowy) - 177,83 ha;

Siedliska przyrodnicze poza obszarami Natura 2000 w stanie FV (A) i U1 (B) - 32,3 ha;

Drzewostany, których wiek przekracza o minimum dwie klasy wieku przyjęty wiek rębności gatunku panującego w I piętrze danego drzewostanu - 19,06 ha;

Bagna - 347,6 ha;

Grunty pozostawione do naturalnej sukcesji - 73,09 ha;

Powierzchnie wyłączone z innych przyczyn - 431,75 ha.